В конце XV века Новгородское государство, а вместе с ним и Карельские земли, становятся частью России. Русский народ становится поддержкой карел в противостоянии шведской экспансии. Включение Карелии в состав России вызвало за собой ряд изменений, коснувшихся системы местного управления, ее упорядочения. Все территории Новгорода и прилегающих владений были поделены на уезды. Большая часть погостов Карелии образовали Новгородский уезд; поселения вокруг Онежского озера стали именоваться Заонежскими погостами; северные земли Карелии определили как Лопские погосты.


В 1500 году от территории Новгородского уезда были отделены Передняя и Западная Корелы и переименованы в Корельский уезд, где проживало коренное население – карелы. Для укрепления обороны западных рубежей руководство издало указ о разделении Новгородской земли на пятины: в состав Водской пятины входили Корельский уезд и Лопские погосты; Обонежская пятина включала в себя поселения между Ладожским и Онежским озёрами, погосты Заонежья и Беломорского побережья Карелии. В 1582 году земли северной части Карельского Поморья были включены в состав Кольского уезда. Управлять уездами было поручено наместникам – представителям местной знати, собиравших с населения дань и разного рода пошлины.


Подверглась изменению и структура феодальной собственности. Новгородские бояре были лишены принадлежавших им ранее земель Карелии, уменьшились территории, принадлежащие монастырям, было отменено содержание (кормление) Дома св. Софии за счет местного населения. Отнятые земли перешли стали государственными. Население Карелии получило новый статус «черносошных крестьян» (принадлежащих государству). За владение землей, недвижимостью или промысловым делом жители были обязаны платить государству дань (оброк). Для мужчин сохранялась военная повинность (посоха). Каждому погосту государственные деятели вменяли в обязанность выплату суммы налогов, изменявшуюся только в случае переписи населения. Населению давалось послабление в виде уменьшения налогов в случае природных катаклизмов либо военного разорения.
Новые государственные порядки способствовали развитию хозяйственной и промысловой деятельности. На юге Корельского уезда активно развивалось земледелие, в Поморье – солеварение, в Лопских и Заонежских погостах – производство железа, добыча слюды, жемчуга.


На землях Карелии процветало торговое ремесло: шла оживленная торговля через города Корелу, Сванский Волочек, Куркиёки, Сердоболь, Повенец. Также были налажены прямые торговые отношения с крупными российскими городами (Москвой, Новгородом, Каргополем) и прочими районами страны. Высоко ценилась карельская пушнина и в соседних странах: Финляндии и Швеции. Но шведские набеги по-прежнему омрачали мирную жизнь Корельских земель, появляясь с разорительными набегами.


После очередной осады города Корелы (в 1580 году) шведы принудили горожан сдаться. Захватив восточный берег Ладожского озера, войска шведской армии направились к Белому морю и Онежскому озеру. На захваченных землях Приладожья они заселили финнов.
Военный конфликт был завершен после заключения Плюсского перемирия между Швецией и Россией (1583 г.). Согласно договору, Швеции отходили Корельский уезд и западная часть Ижорской земли. Однако жители Карельского уезда, не смирившись с захватчиками, массово стали переселяться вглубь Российского государства. Многие погосты Карелии опустели.


Спустя десятилетие, Швеция отказалась от своих претензий и вернула России Корельский уезд и Ижорскую землю, заключив «Тявзинский мир» (1595 г.). Местное население обязали вернуться, предоставив им различные льготы (свободу от уплаты налогов и оброков в течение 10 лет, от торговой пошлины).


Начало XVII века вновь было омрачено нападением польской интервенции, началом смуты. Ища поддержки в борьбе с поляками, правительство России обратилось за помощью к шведскому правителю Карлу IX, пообещав тому в качестве награды Корельский уезд, Валаамский и Коневский монастыри. Но при попытке заселения шведов на землях Карелии в 1610 г., местное население дало им отпор. Но шведам удалось снова захватить крепость Корелу, а впоследствии и часть новгородской земли. Вооружившись поддержкой поляков и воспользовавшись смутой в России, шведские войска предприняли попытку захвата Карельского Поморья и Заонежья. Местное население, заручившись помощью отрядов Первого земского ополчения, сумели отстоять родные земли: Беломорскую Карелию, Соловки и Лопские погосты.
Освобождение от польско-литовских наемников Приладожья, Междуозерья, южной части Заонежья произошло в 1612-1613 году по указу нового российского царя Михаила Романова. Осознав бесперспективность дальнейших военных действий на северо-западе России, Швеция подписывает мирный договор (в 1617 году в деревне Столбово близ Тихвина), согласно которому Россия лишается Корельского уезда, Ижоры и выхода к Балтийскому морю.
Последствием смуты и польской интервенции стало «Великое разорение» российского государства. Снова началось массовое переселение карел с территории Карельского перешейка вглубь России. Благодаря постоянным нападениям, разбойным действиям обезлюдели многие деревни Карелии. Для «успокоения и советования» коренного населения Карелии правительство России провело политику отмены взимания налогов, предоставления льгот.
Восстановление экономики страны шли довольно медленными темпами. Лишь к середине XVII века положение немного выровнялось, были восстановлены пашни и сенокосы, выросла численность населения.

Экономический рост страны сдерживали многолетние неурожаи, голод в деревнях, подвергшихся нападению поляков. Карелы массово покидали обжитые территории Заонежья, Лопских погостов. С целью усиления государственной опеки в этих районах было отменено Оштинское воеводство, подчиненное Новгороду. Лопские и Заонежские погосты, объединив в один уезд, подчинили власти Российского государства. С целью защитить от набегов шведов территории Междуозерья, рядом с новой российско-шведской границей при слиянии рек Олонки и Мегрети была возведена крепость (1648 г.). Крепость положила начало основанию города Олонца, ставшего центром недавно образованного Олонецкого уезда.


В 1656 году Россия предпринимает попытки вернуть утраченные территории, захваченные шведами (выход к Балтийскому морю). Однако военные полки, организованные из крестьян, терпят поражение. Земли Корельского уезда опустели; карелы массово покидают обжитые территории, продвигаясь вглубь российского государства (в Бежецкий, Новоторжский, Тверской и другие уезды). Большое число карел мигрировало на земли Олонецкого перешейка, северо-западные Заонежские и Лопские погосты.
1666 год в России ознаменован окончанием военных действий со Швецией (за территории Ижорской земли, Корельского уезда, Ливонии) и с Польшей (за Смоленск и Киев).


В конце XVII века в Карелии начинает активно развиваться мануфактурное производство. Датский предприниматель Бутенант открывает пять заводов по изготовлению железа в Заонежье. Правительство, поддерживая рост мануфактуры, вводит для крестьян новую повинность – «приписку» на заводские работы, что вызвало волну недовольства в народе. В 1694 году народ поднимает первое Кижское восстание, подавленное войсками государства. Одновременно вспыхивают и восстания монахов в вотчине Соловецкого уезда, недовольных реформой Русской православной церкви. Свое недовольство монахи высказали довольно радикальным методом – через самосожжение. К самосожжению в Олонецком уезде и в Заонежье прибегли около 8 тысяч человек. Одновременно со сторонниками самосожжения на погосте Верхняя Выга возникло Выгорецкое общежительство старообрядцев, не приемлющих самосожжение как форму сопротивления государственной власти.

Карелия в составе Новгорода.Конец 15 в.
Карелия в составе Новгорода.Конец 15 в.